本作时间线发生在《假面骑士Amazons：最后的审判》之后。简单介绍一下在这部作品之前的故事。 野座间制药公司研发出了一种对蛋白质尤其是人肉所渴望的Amazon细胞，同时也制造出了4000只Amazon实验体。在一次意外事故，4000只实验体不幸逃离，隐匿在这座城市里。因为实验体手臂上带有Amazon记录器（简称臂环），臂环中的抑制剂可抑制实验体吃人的欲望，让他们能够像人类一样生活，可是抑制剂只有两年期限，抑制剂用完之后实验体便会觉醒，对人肉极度渴望。臂环也会从蓝色便为红色，发出警报，野座间制药公司便可以收到臂环的定位信号。 野座间制药公司为了秘密除掉实验体，成立了驱逐班。6名为钱而来的人与1位目前对人肉无欲望的且只喜欢团队和汉堡的实验体小守聚集，清楚实验体。 水泽悠是野座间制药公司高层人员水泽令华的干儿子。在事故发生之后的2年以来一直住在令华家，且对2年前的生活一无所知，在这期间也一直注射一种不明药物。因为药物带来十分不适的感觉，所以一次小悠没有注射药物，随着本能的驱使，小悠逃出令华家来到野外看到驱逐班与实验体和假面骑士Amazon Alpha战斗的场景，随后无法控制，变身成Amazon加入了战斗。Alpha看到后，将小悠带走了。 假面骑士Amazon Alpha是由鹰山仁变身而成，他原本是野座间制药公司的研究人员，因发明了Amazon细胞，同时对实验体的放出十分自责所以注入了Amazon细胞，变成了第二类Amazon，为了猎杀Amazon而存在。 带回小悠之后，向他讲述了一切之后，便怂恿他加入自己的猎杀，后来便离开了，仁的伴侣兼精神支柱七羽姐将Amazon driver交给小悠，小悠变为了假面骑士Amazon Omega 小悠为了找寻自己到底属于哪类生物同时弄清自己的立场加入了驱逐班驱逐实验体。即使对自己十分重要的水泽美月（水泽令华女儿）其间虽与驱逐班和仁叔矛盾不断，但是也齐心协力杀死了由橘雄悟研发将死人变成Amazon的假面骑士Amazon Sigma。后野座间制药公司研发了对实验体有巨大伤害但是对人类无害的瓦斯，会在一个下雨天投入全市，这个计划称作Tlaloc作战计划。后来小守因在一次驱逐中误食人肉，后觉醒吃掉了三崎（驱逐班成员）的一只手，悠与小守一起为了在Tlaloc活命，逃离了驱逐班。Tlaloc事件之后，有3000余只实验体被杀死。最后驱逐班被委托杀掉最后活命的实验体，就在驱逐班被实验体包围之时，小悠出现了，杀掉了包围驱逐班的实验体，并为了保护小守和另外的实验体与前来猎杀实验体的假面骑士Amazon Alpha展开战斗，最后以两败俱伤结束，小悠与小守和一群实验体遁隐山林，即使小守吃了人依旧想要将其挽回的驱逐班也没再追捕。后从水泽令华口中得知小悠是第三类Amazon，由水泽令华放的人类基因与Amazon细胞所诞生的。而2年前的事故是由野座间制药公司会长故意造成的，原因不明（season 1结束） season 1发生的5年后，在夜晚一群少年将一名警察引到千翼面前，警察变身为Amazon，千翼也变身成假面骑士Amazon Neo将其猎杀。 政府与野座间制药公司共同成立了新机构4C猎杀Amazon。调查到一位Amazon原生体的溶原性细胞通过地下水传播到城市各地。喝了此种水的人大多数都会被溶原性细胞感染，变为Amazon。千翼在一次猎杀中与4C相遇，4C所带的少女惟由变身成Amazon，与其他Amazon战斗。惟由也是千翼唯一没有想要吃她的欲望的人类。于是千翼答应回到他逃出的4C（千翼在废墟中被救，身份不明，记忆全无）与惟由不断接触，后得知惟由是死人复活的Sigma，所以千翼才没有吃她的欲望。千翼想要和惟由一起活下去，而小悠认为杀掉惟由让她安息才好。两人冲突不断。 后来驱逐班再次集结调查水源，后得知是小守为了增加Amazon数量与人类开战所为。与小守待在一起的Amazon已经不知道为什么而不能够在吃人了，但是还是不断被猎杀，所以小守才想要增加Amazon数量。驱逐班只好与小守为敌。小悠想要守护小守和剩下的实验体，但是他要阻止小守，并且会协助杀死所有溶原性细胞感染成的Amazon。 千翼想要惟由恢复以前活着的的情感不断与她接触，帮助。后来成为4C局长橘雄悟认为千翼在撒谎，所以在极度威胁下，从千翼嘴中问出，他是鹰山仁的儿子。原来仁在Tlaloc事件之后，不断猎杀Amazon，身体负担不起，逐渐疯癫，在一次失去理智的情况下，让七羽姐怀孕。后来仁恢复，将七羽留在他大学教授那，生出孩子后七羽为了保护孩子不被仁杀死，于是逃走了。仁不断地寻找他们。而4C发现了千翼所在处，救走了千翼，而七羽姐似乎被千翼所吃。仁在找到千翼之后直言要杀死他，千翼和惟由被4C带走。因为千翼过于危险，4C打算将身为原生体的千翼冰封起来，可因为强大身存欲望将4C大量人员屠杀后逃离。 小悠与驱逐班再次组队，找到了小守所在地，找到了另一位原生体，在准备杀死他的情况下，压裂弹击中了所有除小守剩下的实验体，原生体逃走了。4C再次追击千翼，打算利用惟由杀死千翼。可是千翼为了活下去只好和惟由大打出手。小悠与美月在追逐原生体时，发现第二个原生体就是七羽姐，原来七羽姐被千翼感染成了原生体。 仁追击到千翼在要杀死他之时，即使惟由依旧没有感情但她却救了千翼，千翼与惟由逃离。 驱逐班打算驱逐掉第二只原生体，在海边找到后。仁也追逐到，发现是七羽姐。在发射压裂弹之时，小守因福田（驱逐班成员）亲手驱逐了自己被感染的母亲，心想被队友杀死可能更好，所以挡在原生体之前，被驱逐班驱逐。而压裂弹的穿透效果将七羽姐驱除，在仁也即将被驱除的情况下，七羽将仁推开。 仁和小悠找到了千翼和惟由，此时的惟由已经被启动废弃处置即将死去。千翼知道，仁和小悠都是来杀他的，但是他想要作为人类活下去，于是三人开战，最后以千翼的死去结束。 小悠想要加入4C的美月亲手驱逐他，可是美月最终还是没有下手，让他活下去。仁也消失遁迹，4C继续猎杀Amazon，橘雄悟开启新Sigma计划。（season 2 完）

不更了嘛

season 2的2年后，Amazon只剩下小悠和仁。在4C想要驱逐小悠的情况下，美月反水救了小悠。小悠被一群孩子所救，住在了一家孤儿院里。后在丛林中发现两只Amazon，小悠也变身为保护孤儿院孩子与其战斗，院长虽作为人类但依旧变为假面骑士Amazon Neo Alpha。即使这所孤儿院很奇怪，但是依旧与被令华委托带回自己的驱逐班离开。 在突然间得知，孤儿院里的孩子都是没吃过人的草食Amazon，院长将他们卖出从而给予人类进食。这就是橘雄悟的新Sigma计划。于是小悠离开想要救孩子。 驱逐班为了给受伤的美月找寻药物，被逃出孤儿院的Amazon抓住。驱逐班原本已经感化了这群身为孩子的Amazon，但是却被4C发现，Amazon们以为驱逐班骗他们于是双方再次展开了战斗。驱逐班与4C最后也杀死了那群Amazon。 小悠回到了孤儿院，却发现他们心甘情愿被当做食物。看着另一个救她的女孩梦久被送走，梦久却到最后一刻变为Amazon反抗。梦久与小悠回到孤儿院，打算解放所有孩子。小悠与院长开战，后发现院长囚禁了仁，所以造出了Amazon。一个孩子放了仁，小悠与院长打斗重伤。仁与院长打了起来。小悠为了恢复伤痕，于是接受了身为Amazon却有一颗人类的心的梦久的建议，吃了他的肉，在小悠眼里，他越了线，吃了人。而仁叔杀死了院长，也杀了人。两人打破了自己的原则。为了阻止不断猎杀草食Amazon的仁，他小悠与仁开战，以仁的死亡终结。 最后美月住到了孤儿院照顾那些孩子，橘雄悟被水泽令华因倒卖野座间机密基因技术而举报，被处革职。野座间会长原本病恹恹的身体精神了起来，在一间阴暗房间里吃着不知道是什么的肉。而小悠继续为了活下去而拼搏。（剧场版：最后的审判完）